Forskersonen er forskning.nos side for debatt og forskernes egne tekster. Meninger i tekstene gir uttrykk for skribentenes holdninger. Hvis du ønsker å delta i debatten, kan du lese hvordan her.

Nye teknologiar banar seg veg inn i måten vi arbeider på for å oppklare sjukdomsutbrot. Det er bra, men dei kan koma til å peike ut feil smittekjelde om dei blir brukte ukritisk.

Utbrot er eit mysterium der smittekjelda må finnast raskt for å hindre at folk blir alvorleg sjuke eller døyr. Samtidig veit vi at utpeiking av feil matvare kan få katastrofale og urettferdige følgjer for produsenten. Dette er eit dilemma. Raske resultat er bra, men feil konklusjon er verre.

Kva har pasientane ete?

Utbrotsoppklaring startar vanlegvis med at vi ved Veterinærinstituttet får varsling frå Folkehelseinstituttet om at dei har registrert fleire sjukdomstilfelle som det er grunn til å mistenkje har same smittekjelde. Mattilsynet intervjuar pasientane og går gjennom intervjua for å finne felles matvarer dei sjuke har ete.

Prøver vert samla inn og analysert. Parallelt blir det gjort sporingsarbeid for dei mistenkte matvarene. Det blir undersøkt kvar dei er produsert og kva for ledd matvara har gått gjennom fram til pasienten som har fått matvara i seg. Smittekjelda må ha vorte eten av pasienten for å vera årsak til sjukdom. Dette er innlysande, og blir kalla epidemiologisk link. Når vi finn bakteria i matvara og den stemmer med epidemiologien, vert utbrotet rekna som oppklara.

Rykker ofte tilbake til start

I denne prosessen er det opp- og nedturar. Oppturane kjem når vi verkeleg har tru på at vi er på rett spor og berre ventar på at analysen som skal bekrefte det skal bli ferdig. Nedturane kjem når det viser seg at sporet likevel ikkje var det rette. Det er ikkje så sjeldan at nedturen kjem i siste sving og vi må rykke tilbake til start.

Denne framgangsmåten er enno den dominerande i utbrotsoppklaring, og dei siste par åra har vi fått eit nytt verktøy: heilgenomsekvensering. Det er eit verktøy for å samanlikne DNA-sekvensen i bakterieisolat med større presisjon enn tradisjonelle metodar gjer. Denne bruken av heilgenomsekvensering har vore brukt ei tid som eit nyttig tillegg til den tradisjonelle måten å arbeide med utbrotsoppklaring på.

Rask utvikling

Dei siste par åra har ein annan bruk kome til. Den går på å samanlikne sekvensen i bakterien som har gjeve sjukdom med alt som er av tilgjengelege sekvensar for bakterietypen i historiske databaser frå mange land. Tanken bak denne måten å bruke sekvensar på, er at sekvensar som er svært like har større sannsynlegheit for å ha same opphav enn sekvensar som er meir forskjellige. Men feltet er i så rask utvikling at ulike fagdisiplinar går litt i utakt.

Det er etablert databaser med sekvensar i Europa for å kunne bruke dei til kunne finne mogelege smittekjelder raskt når det er utbrot. Mange land, deriblant Noreg, har vore tilbakehaldne med å sende inn sekvensar. Det verkar for usikkert, enno. 

Derimot har heilgenomsekvensering vorte brukt i mange forskingsstudium, og når desse vert publisert, er det krav at sekvensane skal leggast ut. Slike studiar gjev nyttig informasjon, og ei tilleggseffekt er at det blir store mengder sekvensar å samanlikne med når det kjem eit utbrot.

Tilgangen på sekvensar har ført til at mange utbrot har vorte oppklara, eller i det minste sannsynleggjort. Dette har norsk oppdrettsnæring for laks fått merke. Stadig fleire internasjonale utbrot av listeriose blir knytt til røykt fisk, og mistanken til at den eigentlege kjelda er råvara heller enn i røykeriet er vorte styrka av at det finns sekvensar frå norsk oppdrettsnæring som matchar med sekvensen hjå pasientar i andre land.

Forskjell i metodar

Ein viktig forskjell mellom tradisjonell utbrotsoppklaring og oppklaring med utgangspunkt i sekvensar er søkinga etter mistenkte smittekjelder. Tradisjonelt ser ein etter sannsynlege matvarer blant det pasientane har ete. 

Når ein søker etter gensekvensar er det ingen skilnad på sannsynlege og usannsynlege kjelder. Ein vil nødvendigvis berre få treff blant matvarene det er isolert aktuell bakterietype frå. Dette gjer mange av oss bekymra. 

Det er slett ikkje sikkert at det er sekvensar frå dei aktuelle matvarene i eit utbrot i samlingane. Derimot kan det vera svært like sekvensar i andre matvarer som ikkje har noko med utbrotet å gjera.

I tradisjonell utbrotsoppklaring blir det lagt mykje arbeid i å etterprøve om mistenkt matvare verkeleg kan vera smittekjelda. Det skjer når ein brukar ny teknologi også, men det gjeld å passe på. Heilgenomsekvensering gjev så mykje informasjon at ein kan tru den gjev endå meir presis informasjon enn den faktisk gjer. 

Går ein i den fella, og tenkjer at sekvensar er så spesifikke at etterprøving av om matvara verkeleg kan vera årsak til utbrotet ikkje trengst, kan det fort ende med feil konklusjon. Behovet for etterprøving er, etter mitt syn, endå større når ein startar med matvarer ein ikkje veit om har nokon epidemiologisk link til utbrotet.

Gammalt og nytt saman er best

Det hender at eg leikar at eg skal skrive ein kriminalroman og begynnar å tenkje ut persongalleriet. Om mysteriet er ei utbrotsoppklaring, blir den kvikke detektivassistenten med forhasta konklusjonar ein som brukar dei nye teknologiane ukritisk. Detektivhelten blir ein som brukar både dei tradisjonelle og nye teknologiane og elegant skil ut den verkelege matvara blant dei mistenkte. Sluttreplikken i romanen kunne vore denne:

- Når gamal og ny metodikk blir brukt i allianse, då blir det verkeleg eleganse, mon ami.

(Kronikken er publisert i Nationen 26.06.2024)

Les også:

Kan denne grønnsaken være giftig?

Drikker du melk etter «best før»- dato?